राष्ट्रीय बाल अधिकार संरक्षण आयोग की तरफ से गुजरात सरकार के मुख्य सचिव को एक पत्र लिखा गया था। पत्र के आधार पर शिक्षा विभाग ने कमिश्नर ऑफ़ स्कूल, कचहरी और प्राथमिक शिक्षा निदेशक की कचहरी को राज्य में चल रहे सरकारी और ग्रांटेड या मान्यता प्राप्त मदरसा में पढ़ने वाले गैरमुस्लिम बच्चों के शारीरिक जांच करने के आदेश दिए गए हैं। इसके अलावा मदरसों की मैपिंग करने और मदरसा में पढ़ने वाले तमाम बच्चे अन्य सामान्य स्कूल में अभ्यास कर रहे हैं या नहीं इस बात की जांच करने के भी आदेश दिए हैं।
शिक्षक संदीप पाटिल ने बताया कि जब वे अपनी टीम के साथ सुलतान के मोहल्ला स्थित सुल्तान सैयद की मस्जिद पहुंचे तो वहां मस्जिद बंद थी. उन्होंने फोटो लेने की कोशिश की. इस पर 10 से अधिक लोगों ने उनपर हमला कर दिया. बाद में 100-150 लोग वहां पहुंच गए. इसमें महिलाएं भी शामिल थीं. शिक्षक ने आरोप लगाया कि उसे गली में ले जाकर मार देने की धमकी दी गई. मुझे जो काम सौंपा गया था, उसके लिए मैं वहां गया था, अभी थाने में इसकी शिकायत कर रहा हूं.
मदरसों में अधिकारियों के द्वारा जो जांच की जाएगी उसमें मदरसा के संचालक का नाम, ट्रस्ट या संस्था का नाम, जिस संस्था ने मदरसा को मंजूरी दी उसका नाम, मदरसा में कितने कमरे/क्लास हैं, बच्चों के अभ्यास का समय, टीचर्स को दी जानेवाली सैलेरी कहां से आती है, अभ्यास करने वाले बच्चों की उम्र और बच्चे अन्य किस स्कूल में पढ़ते हैं/नहीं करते हैं। इस तरह के सवाल पूछे जाते हैं।
गिर सोमनाथ जिले अलग-अलग टीम मदरसों का सर्वे कर रही है. राज्य सरकार की सूची के अनुसार गिर सोमनाथ जिले में कार्यरत मदरसों की संख्या 18 है. इसमें वेरावल में 12, कोडिनार में 4 और उना में 2 है. परिपत्र के अनुसार अभी तक 11 का सर्वे किया गया है. बनासकांठा में 97 मदरसों की सूची शिक्षा विभाग को दी गई है. इसमें डीसा में 5 मदरसों का सर्वे हो चुका है. इसी तरह साबरकांठा की 3 तहसलों में 6 टीम जांच करने पहुंची है. साबरकांठा जिला के खेडब्रहमा, पोशिना और विजयनगर में 6 टीम जांच कर रही है.